1、手续更简便

目前加入《国际商标注册马德里协定》及其《议定书》的国家和地区已经达70多个，其中包含了除加拿大以外的所有西方工业大国。通过一份简单的申请书，就可以指定所有这些国家，相对于逐一国家指定(每个国家都要填一份不同的申请书)、申请书式的填写大大方便。在申请方面的简便还表现在规费的支付上，申请人可以一次性以人民币向原属局的主管机关或以瑞士法郎向国际局直接支付，省去了相对于逐一国家指定时需向不同国家分别支付外币的繁琐。

2、费用更划算

马德里国际商标注册的费用包括三部分：一是基础注册费，二是指定国家的费用，三是本国商标主管机关的费用。国际注册申请人可以在一份申请中指定一个或者多个成员国要求对其申请商标进行保护，无论指定一个成员国还是指定全部成员国，国际商标注册申请人均只需缴纳一份基础注册费，因此，指定的国家越多越合算。如果以目前的瑞士法郎汇率(1瑞郎约折合6元多人民币)计算，一标一类指定所有70多个国家所需要的费用还不到10万元人民币，然比国内注册费用还要低些。整体费用计算下来，比通过国家渠道申请注册的费用估算要少10倍以上。

3、时间更节省

申请人从向商标局提交国际商标注册申请书之日起，一般6个月左右即可取得世界知识产权组织(WIPO)国际局颁发的国际商标注册证明，其上载明商标的国际注册号和国际注册日。（虽然，该国际商标注册证明只是表明国际局收到了国际注册申请，并经审查符合国际局的要求，已经或者即将把该申请提交给各指定国进行审查，该商标能否在各指定国获准注册，要以各指定国的审查为准，但从国际注册日起算，也只需十几个月即可知道结果。如果12个月内没有收到协定国或者18个月内没有收到议定书国发来的拒绝给予商标保护的驳回通知书，即表示该商标已在该协定国或议定国自动得到了保护，对于那些实际审查期限非常长的国家，此种规定大大缩短了申请人为得到该国的商标注册保护而需等待的时间。

马德里国际商标注册的不足：

1、成员国数量的局限性

截止到目前，马德里联盟共有79个成员国。也就是说国际商标注册只能在这79个缔约国内受到保护，而在缔约国之外的国家，则无法通过该方式去那些国家申请商标注册。例如，香港、澳门、印度、印度尼西亚、泰国等就不是马德里联盟成员国。

2、需要基础注册或基础申请

通过"马德里"国际商标注册进行国际商标注册来说，基础注册或基础申请是前提条件，也就是说，要通过马德里进行国际注册的商标，必须已经在其原属国（国内）获得注册或已经提出申请。

3如果目标国是协定国，通常无法享受到《保护工业产权巴黎公约》规定的优先权。

4"中心打击"原则

根据《马德里协定》的规定，自国际注册的日期开始5年内，如果该商标在原属国已全部或部分不受法律保护，则国际注册所受到的保护也全部或部分不再产生权利，而不管该商标的国际注册是否已经被转让，这项规定被称为"中心打击"。